1996-ban a Nepáli Kommunista Párt (Maosták) harcot indítottak azzal a céllal, hogy a király parlamenti rendszerét szocialista népköztársaság váltsa fel. Ez vezetett a hosszú nepáli polgárháborúhoz, amelynek több mint 12 000 halottja volt. 2001. június 1-jén mészárlás volt a királyi palotában, meghalt a király, a királynő és a trónörökös, Dipendra herceg. Dipendra herceg ölte meg a szüleit, mert elutasították igényét, hogy beleszólhasson felesége kiválasztásába. Utána öngyilkos lett. Sokféle spekuláció kelt életre a nepáliak között a királyi családban történt tömegmészárlás okáról. A trónra Birendra testvére, Gyanendra lépett. 2005. február 1-jén Gyanendra feloszlatta a kormányt, a teljes végrehajtó hatalmat magához vonta, így remélte leverni a maoista mozgalmat. 2005. szeptemberében a maoisták kinyilvánították háromhónapos egyoldalú tűzszünetük végét, mert nem teljesültek igényeik. 2006. április 21-én Gyanendra király a két hete tartó tüntetések hatására lemondott a teljhatalomról és a többpárti demokrácia irányába tett nyilatkozatokat. A tüntetéseknek 14 halálos áldozata volt. A király felkérte az ellenzéki pártokat, hogy állítsanak miniszterelnök-jelölteket. 2005. február 1-je után

2006. április 30-án lett újra miniszterelnöke az országnak, amikor beiktatták hivatalába Giridzsa Praszad Koiralát. A király teljhatalomról való lemondása azonban nem oldotta a társadalmi feszültségeket.

2007 decemberében a parlament a királyság megszüntetéséről és a köztársaság kikiáltásáról döntött.